Ministerstvo financií SR v usmernení č. MF/011491/2015-724 určuje obsah dokumentácie pre transferové oceňovanie. Obsah, rozsah dokumentácie,ktorú má spoločnosť viesť závisí od typu a veľkosti spoločnosti, používaných účtovných štandardov a veľkostí transakcií so závislými osobami.

Definícia závislých osôb je pre účely daňových predpisov tak široká, že podľa nej je prevažná väčšina slovenských podnikateľských subjektov závislá/spriaznená minimálne s jedným podnikateľským subjektom.

Podnikateľské subjekty (FO, PO) sú závislé:
- ekonomicky - ak majú viac ako 25%-ný priamy, nepriamy alebo nepriamy odvodený podiel na iných podnikateľských subjektoch,
- personálne - ak rovnaké alebo blízke osoby (príbuzní v priamom rade, súrodenci, manželia, iné osoby v rodinnom alebo obdobnom pomere) ovládajú alebo riadia činnosť viacerých podnikateľských subjektov,
- inak („účelovo“) - ak vytvárajú obchodné vzťahy za účelom optimalizácie daňových výsledkov - základu dane alebo daňovej straty. Predmetom záujmu daňovej správy budú hlavne koncoročné transakcie medzi daňovými subjektmi.

Transakcie, ktoré je potrebné dokladovať v rámci transferového oceňovania medzi závislými osobami sú nielen fakturované tovary a služby, dodávky hmotného a nehmotného majetku, ale aj úroky z pôžičiek a iné transakcie. Posudzuje sa aj významnosť transakcie vo vzťahu k celkovým nákladom, výnosom či zisku zainteresovaných subjektov.

Obsah a rozsah dokumentácie k transferovému oceňovaniu medzi tuzemskými subjektmi je rozdelený do troch skupín - úplná, základná a skrátená.

Skrátenú dokumentáciu vedú fyzické osoby a právnické osoby, ktoré vypracúvajú účtovnú závierku ako mikro účtovné jednotky. Dokumentácia obsahuje informácie o skupine - identifikáciu členov, organizáciu a vlastnícku štruktúru, t.j. popis závislosti subjektov. Druhou časťou dokumentácie je zoznam transakcií a ich základné charakteristiky. (Je vhodné pripraviť si aj cenníky a jednoduché porovnania cien, ziskových marží alebo nákladov na transakcie so závislými a nezávislými osobami, aby daňový subjekt odpovedal na ešte nepoložené otázky daňovej kontroly dopredu a pôsobil v kontrolovaných transakciách isto a presvedčivo.)

Úplnú dokumentáciu sú povinní viesť daňovníci vykazujúci výsledok hospodárenia podľa IFRS, daňovníci uskutočňujúci transakcie so závislými osobami nezmluvných štátov, pri žiadosti o odsúhlasenie použitia metódy ocenenia, pri žiadosti o korešpondujúcu úpravu základu dane, daňovníci odpočítavajúci si v danom období daňovú stratu vo výške viac ako 300 tis. EUR, resp. v 2 po sebe nasledujúcich obdobiach stratu v kumulatívnej výške viac ako 400 tis. EUR, daňovníci uplatňujúci si v danom zdaňovacom období úľavu na dani.

Úplná dokumentácia má všeobecnú a špecifickú dokumentáciu. Vo všeobecnej časti sa uvedú všetky relevantné informácie o skupine, identifikácia subjektov v skupine poskytujúcich služby, vlastníkov nehmotného majetku, funkcie a riziká, ktoré vykonávajú/znášajú členovia skupiny (funkčná analýza, analýza rizík). Špecifická časť musí obsahovať informácie o daňovníkovi (podnikateľská činnosť, obchodná stratégia, identifikácia odvetvia, aktivity do budúcnosti), zoznam transakcií a ich základné charakteristiky, prehľad o nehmotnom majetku daňovníka, analýzu porovnateľnosti kontrolovanej a nekontrolovanej transakcie (funkčná a riziková analýza - najnáročnejšia časť), úpravy na zabezpečenie porovnateľnosti, zoznam odsúhlasených metód ocenenia, výber metódy ocenenia a poskytnutie dôkazov, že transakcia je v súlade s princípmi nezávislého vzťahu.

Základnú dokumentáciu vedú všetci ostatní daňovníci. Tiež obsahuje všeobecnú a špecifickú dokumentáciu. Vo všeobecnej časti sa rovnako ako v úplnej dokumentácii charakterizuje skupina a popíšu sa funkcie a riziká členov skupiny. V špecifickej časti sa uvedú informácie o daňovníkovi (podnikateľská činnosť, odvetvie, obchodná stratégia...), zoznam transakcií a ich základné charakteristiky, funkčná a riziková analýza a popis systému transferového oceňovania (zvolená metóda, stanovenie ceny....)

Účelom dokumentácie je preukázať, že transferové ceny sú v súlade s princípom nezávislého oceňovania, pripraviť argumenty pre presvedčeniedaňovej kontroly, že transferové ceny sú v poriadku. Mať istotu, že daňovník vie vysvetliť a zdôvodniť všetky transferové ceny, použité metódy a vypracované relevantné analýzy pre jednotlivé skupiny transakcií. Všetky transakcie nad 1 mil. EUR sú hodnotené daňovou kontrolou ako významné a ich zdokumentovaniu je nutné venovať mimoriadnu pozornosť.

Paradox súčasnej daňovej legislatívy - pri vzájomnom financovaní závislých osôb je v zákone definovaná výška nákladových úrokov, ktoré možno uznať za daňový výdavok a na druhej strane je pri poskytnutí pôžičky závislej osobe nutné dokladovať nezávislú cenu (t.j. nezávislý úrok). Týmto je vytváraný ďalší tlak na materské spoločnosti, aby financovanie podnikateľských aktivít závislých osôb realizovali formou vkladov do vlastného imania.